溱湖湿地属北亚热带季风气候区，为亚热带与温带之间的过渡带。区内湿地类型多样，包括沼泽、湖泊、河流、人工湿地等生境，其中沼泽湿地以苔草及禾本科植物为主的沼生植物群落组成；湖泊湿地主要包括沉水、漂浮、浮叶和挺水四类生活型植物；河流湿地以沉水植物和漂浮植物为主，并有少量浮叶植物和挺水植物。滨岸地段以芦苇群落分布最广，其它漂浮、沉水、挺水植物和湿生乔灌木零星分布。湿地内生物多样性丰富，生态系统完整性相对较高的各种类型湿地为多种动物提供了良好的生境，特别是为鸟类的栖息、觅食、繁衍提供了理想场所。初步统计结果显示，溱湖湿地共有鸟类97种，兽类21种，两栖爬行类23种，鱼类38种，浮游动物21种。溱湖湿地对于区域生物多样性维持具有重要价值。

    随着溱湖生态环境的改善，溱湖湿地已日渐成为各种鸟类和野生动物栖息的天堂，据初步观察和统计，现在每年都有30多种近10万只候鸟在溱湖栖息。为了加强溱湖湿地野生动植物资源和湿地生态系统的保护力度，溱湖国家湿地公园特别成立了相关的生态监测和保护部门。

1、溱湖国家湿地公园湿地保护办公室

    负责湿地生态环境的保护和监测，以及提出控制措施和执行野外巡查等工作，严禁砍伐和捕猎等破坏生态环境的活动。

（1）、溱湖湿地鸟类生态观测点

   湿地的生物多样性主要体现在鸟类多样性。据统计，溱湖共有鸟类97种，其中国家一级保护动物有7种，二级保护动物有6种。很多鸟类的生物学特性尚不清楚，同时一些特殊的科研项目要求有长期的监测设施。为此在湿地公园建立3个鸟类生活习性监测点。

（2）、溱湖湿地水文监测点

    溱湖国家湿地公园与姜堰市环境监测站合作，在溱湖湿地进行水文监测对于制定湿地治理、保护措施具有重要意义。根据溱湖湿地进、退水现状，在姜溱河、泰东河等主要出入湖的河口各设一个水文监测点，共3处。

（3）、溱湖湿地气象观测点

    观测湿地气象因子，对于分析湿地的气候变化、分析水文资料都有重要意义。溱湖国家湿地公园与南京林业大学合作在溱湖湿地成立了溱湖湿地气象观测点，对溱湖湿地的气候气象进行监测研究工作。

2、溱湖湿地国家级野生动物疫源疫病监测站

    在溱湖湿地建立了国家级野生动物疫源疫病监测站，配置了的野生动物观察和动物样本提取的相关设备等，加强对候鸟以及野生动物的疫源疫病进行监测防控。通过野生动物疫源疫病监测直报系统，及时的向国家野保站汇报监测情况。

3、溱湖国家湿地公园野生动物救护中心

    溱湖湿地野生动物资源丰富，为了加强对溱湖湿地野生动物的保护和受伤动物的救护，溱湖国家湿地公园成立了野生动物救护中心。同时，溱湖湿地野生动物救护中心也是泰州地区唯一的一家野生动物救护中心。每年，溱湖湿地野生动物救护中心都救治许多群众送来的野生动物。